tools - bionix.git - Functional, highly-reproducible bioinformatics pipelines

Mode	Name	Size
-rw-r--r--	bowtie-align.nix	1048	log plain
-rw-r--r--	bowtie-index.nix	406	log plain
-rw-r--r--	bowtie.nix	124	log plain
-rw-r--r--	bwa-index.nix	438	log plain
-rw-r--r--	bwa-mem.nix	1059	log plain
-rw-r--r--	bwa.nix	116	log plain
-rw-r--r--	compression.nix	1348	log plain
-rw-r--r--	crumble-app.nix	377	log plain
-rw-r--r--	crumble.nix	100	log plain
-rw-r--r--	fastqc-app.nix	704	log plain
-rw-r--r--	fastqc-check.nix	295	log plain
-rw-r--r--	fastqc.nix	140	log plain
-rw-r--r--	gridss-assemble.nix	1694	log plain
-rw-r--r--	gridss-callVariants.nix	1445	log plain
-rw-r--r--	gridss-collectMetrics.nix	656	log plain
-rw-r--r--	gridss-computeSamTags.nix	1009	log plain
-rw-r--r--	gridss-configFile.nix	1421	log plain
-rw-r--r--	gridss-extractSVReads.nix	1108	log plain
-rw-r--r--	gridss-softClipsToSplitReads.nix	1022	log plain
-rw-r--r--	gridss-variants.nix	3309	log plain
-rw-r--r--	gridss.nix	1223	log plain
-rw-r--r--	infercnv-app.nix	2330	log plain
-rw-r--r--	infercnv-infer.nix	366	log plain
-rw-r--r--	infercnv-ngchmr.patch	616	log plain
-rw-r--r--	infercnv.nix	145	log plain
-rw-r--r--	kallisto-index.nix	393	log plain
-rw-r--r--	kallisto-quant.nix	1233	log plain
-rw-r--r--	kallisto.nix	126	log plain
-rw-r--r--	mosdepth-depth.nix	398	log plain
-rw-r--r--	mosdepth-plot.nix	577	log plain
-rw-r--r--	mosdepth.nix	126	log plain
-rw-r--r--	mutect-app.nix	894	log plain
-rw-r--r--	mutect-call.nix	998	log plain
-rw-r--r--	mutect.nix	201	log plain
-rw-r--r--	platypus-callVariants.nix	1009	log plain
-rw-r--r--	platypus.nix	90	log plain
-rw-r--r--	samtools-dict.nix	335	log plain
-rw-r--r--	samtools-faidx.nix	394	log plain
-rw-r--r--	samtools-fixmate.nix	529	log plain
-rw-r--r--	samtools-flagstat.nix	211	log plain
-rw-r--r--	samtools-index.nix	479	log plain
-rw-r--r--	samtools-markdup.nix	454	log plain
-rw-r--r--	samtools-merge.nix	611	log plain
-rw-r--r--	samtools-sort.nix	1090	log plain
-rw-r--r--	samtools-view.nix	746	log plain
-rw-r--r--	samtools.nix	444	log plain
-rw-r--r--	strelka-call.nix	1011	log plain
-rw-r--r--	strelka.nix	81	log plain