| Mode | Name | Size | |
|---|
| -rw-r--r-- | ascat-app.nix | 7797 | logplain |
| -rw-r--r-- | ascat-callCNV.nix | 803 | logplain |
| -rw-r--r-- | ascat-gccorrect.nix | 789 | logplain |
| -rw-r--r-- | ascat.nix | 514 | logplain |
| -rw-r--r-- | bowtie-align.nix | 1054 | logplain |
| -rw-r--r-- | bowtie-index.nix | 414 | logplain |
| -rw-r--r-- | bowtie.nix | 354 | logplain |
| -rw-r--r-- | bwa-index.nix | 469 | logplain |
| -rw-r--r-- | bwa-index2.nix | 487 | logplain |
| -rw-r--r-- | bwa-mem.nix | 1060 | logplain |
| -rw-r--r-- | bwa-mem2-app.nix | 457 | logplain |
| -rw-r--r-- | bwa-mem2.nix | 1079 | logplain |
| -rw-r--r-- | bwa.nix | 559 | logplain |
| -rw-r--r-- | cnvkit-batch.nix | 1468 | logplain |
| -rw-r--r-- | cnvkit-scatter.nix | 269 | logplain |
| -rw-r--r-- | cnvkit.nix | 352 | logplain |
| -rw-r--r-- | compression-bunzip2.nix | 190 | logplain |
| -rw-r--r-- | compression-bzip2.nix | 194 | logplain |
| -rw-r--r-- | compression-gunzip.nix | 186 | logplain |
| -rw-r--r-- | compression-gzip.nix | 192 | logplain |
| -rw-r--r-- | compression.nix | 922 | logplain |
| -rw-r--r-- | crumble-app.nix | 377 | logplain |
| -rw-r--r-- | crumble.nix | 82 | logplain |
| -rw-r--r-- | delly-call.nix | 973 | logplain |
| -rw-r--r-- | delly.nix | 142 | logplain |
| -rw-r--r-- | facets-app.nix | 940 | logplain |
| -rw-r--r-- | facets-call.nix | 419 | logplain |
| -rw-r--r-- | facets.nix | 225 | logplain |
| -rw-r--r-- | fastp-app.nix | 386 | logplain |
| -rw-r--r-- | fastp-check.nix | 1073 | logplain |
| -rw-r--r-- | fastp.nix | 280 | logplain |
| -rw-r--r-- | fastqc-app.nix | 704 | logplain |
| -rw-r--r-- | fastqc-check.nix | 432 | logplain |
| -rw-r--r-- | fastqc.nix | 193 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-assemble.nix | 2246 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-callVariants.nix | 1548 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-collectMetrics.nix | 985 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-computeSamTags.nix | 995 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-configFile.nix | 1414 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-extractSVReads.nix | 1161 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-softClipsToSplitReads.nix | 1116 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss-variants.nix | 3634 | logplain |
| -rw-r--r-- | gridss.nix | 3424 | logplain |
| -rw-r--r-- | hisat2-align.nix | 1075 | logplain |
| -rw-r--r-- | hisat2-extractExons.nix | 219 | logplain |
| -rw-r--r-- | hisat2-extractSpliceSites.nix | 232 | logplain |
| -rw-r--r-- | hisat2-index.nix | 628 | logplain |
| -rw-r--r-- | hisat2.nix | 474 | logplain |
| -rw-r--r-- | infercnv-app.nix | 2330 | logplain |
| -rw-r--r-- | infercnv-infer.nix | 342 | logplain |
| -rw-r--r-- | infercnv-ngchmr.patch | 616 | logplain |
| -rw-r--r-- | infercnv.nix | 122 | logplain |
| -rw-r--r-- | kallisto-index.nix | 372 | logplain |
| -rw-r--r-- | kallisto-quant-empty.h5 | 6544 | logplain |
| -rw-r--r-- | kallisto-quant.nix | 2249 | logplain |
| -rw-r--r-- | kallisto.nix | 387 | logplain |
| -rw-r--r-- | last-align.nix | 1049 | logplain |
| -rw-r--r-- | last-index.nix | 334 | logplain |
| -rw-r--r-- | last.nix | 223 | logplain |
| -rw-r--r-- | lumpy-call.nix | 845 | logplain |
| -rw-r--r-- | lumpy.nix | 137 | logplain |
| -rw-r--r-- | manta-call.nix | 1111 | logplain |
| -rw-r--r-- | manta.nix | 169 | logplain |
| -rw-r--r-- | minimap2-align.nix | 1014 | logplain |
| -rw-r--r-- | minimap2.nix | 228 | logplain |
| -rw-r--r-- | mosdepth-depth.nix | 413 | logplain |
| -rw-r--r-- | mosdepth-plot.nix | 571 | logplain |
| -rw-r--r-- | mosdepth.nix | 338 | logplain |
| -rw-r--r-- | mutect-app.nix | 890 | logplain |
| -rw-r--r-- | mutect-call.nix | 1025 | logplain |
| -rw-r--r-- | mutect.nix | 234 | logplain |
| -rw-r--r-- | octopus-call.nix | 1409 | logplain |
| -rw-r--r-- | octopus-callSomatic.nix | 1754 | logplain |
| -rw-r--r-- | octopus.nix | 472 | logplain |
| -rw-r--r-- | picard-markDuplicates.nix | 763 | logplain |
| -rw-r--r-- | picard.nix | 154 | logplain |
| -rw-r--r-- | platypus-callVariants.nix | 1077 | logplain |
| -rw-r--r-- | platypus.nix | 138 | logplain |
| -rw-r--r-- | sambamba-generic.nix | 790 | logplain |
| -rw-r--r-- | sambamba-sort.nix | 612 | logplain |
| -rw-r--r-- | sambamba.nix | 728 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-dict.nix | 314 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-faidx.nix | 373 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-fixmate.nix | 507 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-flagstat.nix | 226 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-index.nix | 487 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-markdup.nix | 433 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-merge.nix | 1146 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-sort.nix | 1105 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools-view.nix | 725 | logplain |
| -rw-r--r-- | samtools.nix | 435 | logplain |
| -rw-r--r-- | snap-align.nix | 1014 | logplain |
| -rw-r--r-- | snap-app.nix | 455 | logplain |
| -rw-r--r-- | snap-index.nix | 388 | logplain |
| -rw-r--r-- | snap.nix | 381 | logplain |
| -rw-r--r-- | snpeff-annotate.nix | 423 | logplain |
| -rw-r--r-- | snpeff-dbnsfp.nix | 463 | logplain |
| -rw-r--r-- | snpeff.nix | 469 | logplain |
| -rw-r--r-- | snver-app.nix | 584 | logplain |
| -rw-r--r-- | snver-call.nix | 1106 | logplain |
| -rw-r--r-- | snver.nix | 185 | logplain |
| -rw-r--r-- | star-align.nix | 1078 | logplain |
| -rw-r--r-- | star-index.nix | 652 | logplain |
| -rw-r--r-- | star.nix | 208 | logplain |
| -rw-r--r-- | strelka-call.nix | 1380 | logplain |
| -rw-r--r-- | strelka-callSomatic.nix | 1529 | logplain |
| -rw-r--r-- | strelka.nix | 309 | logplain |
| -rw-r--r-- | whisper-align.nix | 996 | logplain |
| -rw-r--r-- | whisper-index.nix | 358 | logplain |
| -rw-r--r-- | whisper.nix | 214 | logplain |
| -rw-r--r-- | xenomapper-allocate.nix | 909 | logplain |
| -rw-r--r-- | xenomapper.nix | 350 | logplain |
