index
:
bionix.git
assets
biocommons-talk
master
wehi-talk
Functional, highly-reproducible bioinformatics pipelines
about
summary
refs
log
tree
commit
diff
log msg
author
committer
range
path:
root
/
tools
Mode
Name
Size
-rw-r--r--
bowtie-align.nix
1048
log
plain
-rw-r--r--
bowtie-index.nix
406
log
plain
-rw-r--r--
bowtie.nix
124
log
plain
-rw-r--r--
bwa-index.nix
438
log
plain
-rw-r--r--
bwa-mem.nix
1059
log
plain
-rw-r--r--
bwa.nix
116
log
plain
-rw-r--r--
compression.nix
1348
log
plain
-rw-r--r--
crumble-app.nix
377
log
plain
-rw-r--r--
crumble.nix
100
log
plain
-rw-r--r--
fastqc-app.nix
704
log
plain
-rw-r--r--
fastqc-check.nix
295
log
plain
-rw-r--r--
fastqc.nix
140
log
plain
-rw-r--r--
gridss-assemble.nix
1694
log
plain
-rw-r--r--
gridss-callVariants.nix
1445
log
plain
-rw-r--r--
gridss-collectMetrics.nix
656
log
plain
-rw-r--r--
gridss-computeSamTags.nix
1009
log
plain
-rw-r--r--
gridss-configFile.nix
1421
log
plain
-rw-r--r--
gridss-extractSVReads.nix
1108
log
plain
-rw-r--r--
gridss-softClipsToSplitReads.nix
1022
log
plain
-rw-r--r--
gridss-variants.nix
3309
log
plain
-rw-r--r--
gridss.nix
1173
log
plain
-rw-r--r--
infercnv-app.nix
2330
log
plain
-rw-r--r--
infercnv-infer.nix
366
log
plain
-rw-r--r--
infercnv-ngchmr.patch
616
log
plain
-rw-r--r--
infercnv.nix
145
log
plain
-rw-r--r--
kallisto-index.nix
393
log
plain
-rw-r--r--
kallisto-quant.nix
1233
log
plain
-rw-r--r--
kallisto.nix
126
log
plain
-rw-r--r--
mosdepth-depth.nix
398
log
plain
-rw-r--r--
mosdepth-plot.nix
577
log
plain
-rw-r--r--
mosdepth.nix
126
log
plain
-rw-r--r--
mutect-app.nix
894
log
plain
-rw-r--r--
mutect-call.nix
998
log
plain
-rw-r--r--
mutect.nix
201
log
plain
-rw-r--r--
platypus-callVariants.nix
1009
log
plain
-rw-r--r--
platypus.nix
90
log
plain
-rw-r--r--
samtools-dict.nix
335
log
plain
-rw-r--r--
samtools-faidx.nix
394
log
plain
-rw-r--r--
samtools-fixmate.nix
528
log
plain
-rw-r--r--
samtools-flagstat.nix
211
log
plain
-rw-r--r--
samtools-index.nix
479
log
plain
-rw-r--r--
samtools-markdup.nix
454
log
plain
-rw-r--r--
samtools-merge.nix
611
log
plain
-rw-r--r--
samtools-sort.nix
1090
log
plain
-rw-r--r--
samtools-view.nix
746
log
plain
-rw-r--r--
samtools.nix
444
log
plain
-rw-r--r--
snpeff-annotate.nix
384
log
plain
-rw-r--r--
snpeff-dbnsfp.nix
423
log
plain
-rw-r--r--
snpeff.nix
130
log
plain
-rw-r--r--
strelka-call.nix
1011
log
plain
-rw-r--r--
strelka.nix
81
log
plain