tools - bionix.git - Functional, highly-reproducible bioinformatics pipelines

Mode	Name	Size
-rw-r--r--	bowtie-align.nix	1020	log plain
-rw-r--r--	bowtie-index.nix	385	log plain
-rw-r--r--	bowtie.nix	115	log plain
-rw-r--r--	bwa-index.nix	417	log plain
-rw-r--r--	bwa-mem.nix	1031	log plain
-rw-r--r--	bwa.nix	107	log plain
-rw-r--r--	cnvkit-app.nix	1238	log plain
-rw-r--r--	cnvkit-batch.nix	1023	log plain
-rw-r--r--	cnvkit.nix	150	log plain
-rw-r--r--	compression.nix	1269	log plain
-rw-r--r--	crumble-app.nix	377	log plain
-rw-r--r--	crumble.nix	82	log plain
-rw-r--r--	facets-app.nix	920	log plain
-rw-r--r--	facets-call.nix	624	log plain
-rw-r--r--	facets.nix	145	log plain
-rw-r--r--	fastqc-app.nix	704	log plain
-rw-r--r--	fastqc-check.nix	270	log plain
-rw-r--r--	fastqc.nix	122	log plain
-rw-r--r--	gridss-assemble.nix	1673	log plain
-rw-r--r--	gridss-callVariants.nix	1424	log plain
-rw-r--r--	gridss-collectMetrics.nix	635	log plain
-rw-r--r--	gridss-computeSamTags.nix	988	log plain
-rw-r--r--	gridss-configFile.nix	1414	log plain
-rw-r--r--	gridss-extractSVReads.nix	1087	log plain
-rw-r--r--	gridss-softClipsToSplitReads.nix	1001	log plain
-rw-r--r--	gridss-variants.nix	3278	log plain
-rw-r--r--	gridss.nix	1152	log plain
-rw-r--r--	infercnv-app.nix	2330	log plain
-rw-r--r--	infercnv-infer.nix	342	log plain
-rw-r--r--	infercnv-ngchmr.patch	616	log plain
-rw-r--r--	infercnv.nix	122	log plain
-rw-r--r--	kallisto-index.nix	372	log plain
-rw-r--r--	kallisto-quant.nix	1219	log plain
-rw-r--r--	kallisto.nix	117	log plain
-rw-r--r--	mosdepth-depth.nix	384	log plain
-rw-r--r--	mosdepth-plot.nix	563	log plain
-rw-r--r--	mosdepth.nix	117	log plain
-rw-r--r--	mutect-app.nix	894	log plain
-rw-r--r--	mutect-call.nix	966	log plain
-rw-r--r--	mutect.nix	115	log plain
-rw-r--r--	platypus-callVariants.nix	988	log plain
-rw-r--r--	platypus.nix	81	log plain
-rw-r--r--	samtools-dict.nix	314	log plain
-rw-r--r--	samtools-faidx.nix	373	log plain
-rw-r--r--	samtools-fixmate.nix	507	log plain
-rw-r--r--	samtools-flagstat.nix	197	log plain
-rw-r--r--	samtools-index.nix	458	log plain
-rw-r--r--	samtools-markdup.nix	433	log plain
-rw-r--r--	samtools-merge.nix	597	log plain
-rw-r--r--	samtools-sort.nix	1076	log plain
-rw-r--r--	samtools-view.nix	725	log plain
-rw-r--r--	samtools.nix	435	log plain
-rw-r--r--	snpeff-annotate.nix	364	log plain
-rw-r--r--	snpeff-dbnsfp.nix	404	log plain
-rw-r--r--	snpeff.nix	121	log plain
-rw-r--r--	strelka-call.nix	1237	log plain
-rw-r--r--	strelka-callSomatic.nix	1543	log plain
-rw-r--r--	strelka.nix	127	log plain