index
:
bionix.git
assets
biocommons-talk
master
wehi-talk
Functional, highly-reproducible bioinformatics pipelines
about
summary
refs
log
tree
commit
diff
log msg
author
committer
range
path:
root
/
tools
Mode
Name
Size
-rw-r--r--
ascat-app.nix
7797
log
plain
-rw-r--r--
ascat-callCNV.nix
774
log
plain
-rw-r--r--
ascat-gccorrect.nix
760
log
plain
-rw-r--r--
ascat.nix
168
log
plain
-rw-r--r--
bowtie-align.nix
1020
log
plain
-rw-r--r--
bowtie-index.nix
385
log
plain
-rw-r--r--
bowtie.nix
115
log
plain
-rw-r--r--
bwa-index.nix
417
log
plain
-rw-r--r--
bwa-mem.nix
1031
log
plain
-rw-r--r--
bwa.nix
107
log
plain
-rw-r--r--
cnvkit-app.nix
1238
log
plain
-rw-r--r--
cnvkit-batch.nix
1023
log
plain
-rw-r--r--
cnvkit.nix
150
log
plain
-rw-r--r--
compression-bunzip2.nix
190
log
plain
-rw-r--r--
compression-bzip2.nix
194
log
plain
-rw-r--r--
compression-gunzip.nix
186
log
plain
-rw-r--r--
compression-gzip.nix
192
log
plain
-rw-r--r--
compression.nix
922
log
plain
-rw-r--r--
crumble-app.nix
377
log
plain
-rw-r--r--
crumble.nix
82
log
plain
-rw-r--r--
facets-app.nix
920
log
plain
-rw-r--r--
facets-call.nix
624
log
plain
-rw-r--r--
facets.nix
145
log
plain
-rw-r--r--
fastqc-app.nix
704
log
plain
-rw-r--r--
fastqc-check.nix
270
log
plain
-rw-r--r--
fastqc.nix
122
log
plain
-rw-r--r--
gridss-assemble.nix
1673
log
plain
-rw-r--r--
gridss-callVariants.nix
1424
log
plain
-rw-r--r--
gridss-collectMetrics.nix
635
log
plain
-rw-r--r--
gridss-computeSamTags.nix
988
log
plain
-rw-r--r--
gridss-configFile.nix
1414
log
plain
-rw-r--r--
gridss-extractSVReads.nix
1087
log
plain
-rw-r--r--
gridss-softClipsToSplitReads.nix
1001
log
plain
-rw-r--r--
gridss-variants.nix
3278
log
plain
-rw-r--r--
gridss.nix
1152
log
plain
-rw-r--r--
infercnv-app.nix
2330
log
plain
-rw-r--r--
infercnv-infer.nix
342
log
plain
-rw-r--r--
infercnv-ngchmr.patch
616
log
plain
-rw-r--r--
infercnv.nix
122
log
plain
-rw-r--r--
kallisto-index.nix
372
log
plain
-rw-r--r--
kallisto-quant.nix
1219
log
plain
-rw-r--r--
kallisto.nix
117
log
plain
-rw-r--r--
mosdepth-depth.nix
384
log
plain
-rw-r--r--
mosdepth-plot.nix
563
log
plain
-rw-r--r--
mosdepth.nix
117
log
plain
-rw-r--r--
mutect-app.nix
894
log
plain
-rw-r--r--
mutect-call.nix
966
log
plain
-rw-r--r--
mutect.nix
115
log
plain
-rw-r--r--
platypus-callVariants.nix
988
log
plain
-rw-r--r--
platypus.nix
81
log
plain
-rw-r--r--
samtools-dict.nix
314
log
plain
-rw-r--r--
samtools-faidx.nix
373
log
plain
-rw-r--r--
samtools-fixmate.nix
507
log
plain
-rw-r--r--
samtools-flagstat.nix
197
log
plain
-rw-r--r--
samtools-index.nix
458
log
plain
-rw-r--r--
samtools-markdup.nix
433
log
plain
-rw-r--r--
samtools-merge.nix
597
log
plain
-rw-r--r--
samtools-sort.nix
1076
log
plain
-rw-r--r--
samtools-view.nix
725
log
plain
-rw-r--r--
samtools.nix
435
log
plain
-rw-r--r--
snpeff-annotate.nix
423
log
plain
-rw-r--r--
snpeff-dbnsfp.nix
463
log
plain
-rw-r--r--
snpeff.nix
121
log
plain
-rw-r--r--
strelka-call.nix
942
log
plain
-rw-r--r--
strelka-callSomatic.nix
996
log
plain
-rw-r--r--
strelka.nix
756
log
plain