tools - bionix.git - Functional, highly-reproducible bioinformatics pipelines

Mode	Name	Size
-rw-r--r--	ascat-app.nix	7797	log plain
-rw-r--r--	ascat-callCNV.nix	803	log plain
-rw-r--r--	ascat-gccorrect.nix	789	log plain
-rw-r--r--	ascat.nix	514	log plain
-rw-r--r--	bowtie-align.nix	1054	log plain
-rw-r--r--	bowtie-index.nix	414	log plain
-rw-r--r--	bowtie.nix	354	log plain
-rw-r--r--	bwa-index.nix	469	log plain
-rw-r--r--	bwa-index2.nix	487	log plain
-rw-r--r--	bwa-mem.nix	1060	log plain
-rw-r--r--	bwa-mem2-app.nix	447	log plain
-rw-r--r--	bwa-mem2.nix	1079	log plain
-rw-r--r--	bwa.nix	559	log plain
-rw-r--r--	cnvkit-batch.nix	1468	log plain
-rw-r--r--	cnvkit-scatter.nix	269	log plain
-rw-r--r--	cnvkit.nix	352	log plain
-rw-r--r--	compression-bunzip2.nix	190	log plain
-rw-r--r--	compression-bzip2.nix	194	log plain
-rw-r--r--	compression-gunzip.nix	186	log plain
-rw-r--r--	compression-gzip.nix	192	log plain
-rw-r--r--	compression.nix	922	log plain
-rw-r--r--	crumble-app.nix	377	log plain
-rw-r--r--	crumble.nix	82	log plain
-rw-r--r--	delly-call.nix	973	log plain
-rw-r--r--	delly.nix	70	log plain
-rw-r--r--	facets-app.nix	921	log plain
-rw-r--r--	facets-call.nix	419	log plain
-rw-r--r--	facets.nix	225	log plain
-rw-r--r--	fastp-app.nix	386	log plain
-rw-r--r--	fastp-check.nix	1073	log plain
-rw-r--r--	fastp.nix	126	log plain
-rw-r--r--	fastqc-app.nix	704	log plain
-rw-r--r--	fastqc-check.nix	432	log plain
-rw-r--r--	fastqc.nix	193	log plain
-rw-r--r--	gridss-assemble.nix	1776	log plain
-rw-r--r--	gridss-callVariants.nix	1548	log plain
-rw-r--r--	gridss-collectMetrics.nix	985	log plain
-rw-r--r--	gridss-computeSamTags.nix	995	log plain
-rw-r--r--	gridss-configFile.nix	1414	log plain
-rw-r--r--	gridss-extractSVReads.nix	1161	log plain
-rw-r--r--	gridss-softClipsToSplitReads.nix	1116	log plain
-rw-r--r--	gridss-variants.nix	3606	log plain
-rw-r--r--	gridss.nix	3142	log plain
-rw-r--r--	hisat2-align.nix	1075	log plain
-rw-r--r--	hisat2-extractExons.nix	219	log plain
-rw-r--r--	hisat2-extractSpliceSites.nix	232	log plain
-rw-r--r--	hisat2-index.nix	628	log plain
-rw-r--r--	hisat2.nix	474	log plain
-rw-r--r--	infercnv-app.nix	2330	log plain
-rw-r--r--	infercnv-infer.nix	342	log plain
-rw-r--r--	infercnv-ngchmr.patch	616	log plain
-rw-r--r--	infercnv.nix	122	log plain
-rw-r--r--	kallisto-index.nix	372	log plain
-rw-r--r--	kallisto-quant-empty.h5	6544	log plain
-rw-r--r--	kallisto-quant.nix	2202	log plain
-rw-r--r--	kallisto.nix	117	log plain
-rw-r--r--	last-align.nix	1049	log plain
-rw-r--r--	last-index.nix	334	log plain
-rw-r--r--	last.nix	115	log plain
-rw-r--r--	lumpy-call.nix	845	log plain
-rw-r--r--	lumpy.nix	70	log plain
-rw-r--r--	manta-call.nix	1111	log plain
-rw-r--r--	manta.nix	70	log plain
-rw-r--r--	minimap2-align.nix	1014	log plain
-rw-r--r--	minimap2.nix	228	log plain
-rw-r--r--	mosdepth-depth.nix	413	log plain
-rw-r--r--	mosdepth-plot.nix	571	log plain
-rw-r--r--	mosdepth.nix	117	log plain
-rw-r--r--	mutect-app.nix	894	log plain
-rw-r--r--	mutect-call.nix	966	log plain
-rw-r--r--	mutect.nix	115	log plain
-rw-r--r--	octopus-call.nix	1409	log plain
-rw-r--r--	octopus-callSomatic.nix	1754	log plain
-rw-r--r--	octopus.nix	127	log plain
-rw-r--r--	picard-markDuplicates.nix	763	log plain
-rw-r--r--	picard.nix	92	log plain
-rw-r--r--	platypus-callVariants.nix	1077	log plain
-rw-r--r--	platypus.nix	81	log plain
-rw-r--r--	samtools-dict.nix	314	log plain
-rw-r--r--	samtools-faidx.nix	373	log plain
-rw-r--r--	samtools-fixmate.nix	507	log plain
-rw-r--r--	samtools-flagstat.nix	226	log plain
-rw-r--r--	samtools-index.nix	487	log plain
-rw-r--r--	samtools-markdup.nix	433	log plain
-rw-r--r--	samtools-merge.nix	1146	log plain
-rw-r--r--	samtools-sort.nix	1105	log plain
-rw-r--r--	samtools-view.nix	725	log plain
-rw-r--r--	samtools.nix	435	log plain
-rw-r--r--	snap-align.nix	1014	log plain
-rw-r--r--	snap-app.nix	455	log plain
-rw-r--r--	snap-index.nix	388	log plain
-rw-r--r--	snap.nix	381	log plain
-rw-r--r--	snpeff-annotate.nix	423	log plain
-rw-r--r--	snpeff-dbnsfp.nix	463	log plain
-rw-r--r--	snpeff.nix	121	log plain
-rw-r--r--	snver-app.nix	584	log plain
-rw-r--r--	snver-call.nix	1106	log plain
-rw-r--r--	snver.nix	121	log plain
-rw-r--r--	strelka-call.nix	1380	log plain
-rw-r--r--	strelka-callSomatic.nix	1529	log plain
-rw-r--r--	strelka.nix	309	log plain
-rw-r--r--	whisper-align.nix	996	log plain
-rw-r--r--	whisper-index.nix	358	log plain
-rw-r--r--	whisper.nix	121	log plain
-rw-r--r--	xenomapper-allocate.nix	909	log plain
-rw-r--r--	xenomapper.nix	80	log plain