aboutsummaryrefslogtreecommitdiff
path: root/tools
ModeNameSize
-rw-r--r--ascat-app.nix7797logplain
-rw-r--r--ascat-callCNV.nix774logplain
-rw-r--r--ascat-gccorrect.nix760logplain
-rw-r--r--ascat.nix490logplain
-rw-r--r--bowtie-align.nix1020logplain
-rw-r--r--bowtie-index.nix385logplain
-rw-r--r--bowtie.nix354logplain
-rw-r--r--bwa-index.nix417logplain
-rw-r--r--bwa-mem.nix1031logplain
-rw-r--r--bwa.nix428logplain
-rw-r--r--cnvkit-app.nix1238logplain
-rw-r--r--cnvkit-batch.nix1023logplain
-rw-r--r--cnvkit.nix150logplain
-rw-r--r--compression-bunzip2.nix190logplain
-rw-r--r--compression-bzip2.nix194logplain
-rw-r--r--compression-gunzip.nix186logplain
-rw-r--r--compression-gzip.nix192logplain
-rw-r--r--compression.nix922logplain
-rw-r--r--crumble-app.nix377logplain
-rw-r--r--crumble.nix82logplain
-rw-r--r--facets-app.nix920logplain
-rw-r--r--facets-call.nix624logplain
-rw-r--r--facets.nix145logplain
-rw-r--r--fastqc-app.nix704logplain
-rw-r--r--fastqc-check.nix270logplain
-rw-r--r--fastqc.nix122logplain
-rw-r--r--gridss-assemble.nix1673logplain
-rw-r--r--gridss-callVariants.nix1424logplain
-rw-r--r--gridss-collectMetrics.nix635logplain
-rw-r--r--gridss-computeSamTags.nix988logplain
-rw-r--r--gridss-configFile.nix1414logplain
-rw-r--r--gridss-extractSVReads.nix1087logplain
-rw-r--r--gridss-softClipsToSplitReads.nix1001logplain
-rw-r--r--gridss-variants.nix3278logplain
-rw-r--r--gridss.nix1152logplain
-rw-r--r--infercnv-app.nix2330logplain
-rw-r--r--infercnv-infer.nix342logplain
-rw-r--r--infercnv-ngchmr.patch616logplain
-rw-r--r--infercnv.nix122logplain
-rw-r--r--kallisto-index.nix372logplain
-rw-r--r--kallisto-quant.nix1219logplain
-rw-r--r--kallisto.nix117logplain
-rw-r--r--mosdepth-depth.nix384logplain
-rw-r--r--mosdepth-plot.nix563logplain
-rw-r--r--mosdepth.nix117logplain
-rw-r--r--mutect-app.nix894logplain
-rw-r--r--mutect-call.nix966logplain
-rw-r--r--mutect.nix115logplain
-rw-r--r--platypus-callVariants.nix988logplain
-rw-r--r--platypus.nix81logplain
-rw-r--r--samtools-dict.nix314logplain
-rw-r--r--samtools-faidx.nix373logplain
-rw-r--r--samtools-fixmate.nix507logplain
-rw-r--r--samtools-flagstat.nix197logplain
-rw-r--r--samtools-index.nix458logplain
-rw-r--r--samtools-markdup.nix433logplain
-rw-r--r--samtools-merge.nix597logplain
-rw-r--r--samtools-sort.nix1076logplain
-rw-r--r--samtools-view.nix725logplain
-rw-r--r--samtools.nix435logplain
-rw-r--r--snpeff-annotate.nix423logplain
-rw-r--r--snpeff-dbnsfp.nix463logplain
-rw-r--r--snpeff.nix121logplain
-rw-r--r--strelka-call.nix942logplain
-rw-r--r--strelka-callSomatic.nix996logplain
-rw-r--r--strelka.nix1260logplain