aboutsummaryrefslogtreecommitdiff
path: root/tools
ModeNameSize
-rw-r--r--ascat-app.nix7797logplain
-rw-r--r--ascat-callCNV.nix803logplain
-rw-r--r--ascat-gccorrect.nix789logplain
-rw-r--r--ascat.nix514logplain
-rw-r--r--bowtie-align.nix1054logplain
-rw-r--r--bowtie-index.nix414logplain
-rw-r--r--bowtie.nix354logplain
-rw-r--r--bwa-index.nix417logplain
-rw-r--r--bwa-index2.nix435logplain
-rw-r--r--bwa-mem.nix1060logplain
-rw-r--r--bwa-mem2-app.nix408logplain
-rw-r--r--bwa-mem2.nix1079logplain
-rw-r--r--bwa.nix559logplain
-rw-r--r--cnvkit-batch.nix1468logplain
-rw-r--r--cnvkit-scatter.nix269logplain
-rw-r--r--cnvkit.nix352logplain
-rw-r--r--compression-bunzip2.nix190logplain
-rw-r--r--compression-bzip2.nix194logplain
-rw-r--r--compression-gunzip.nix186logplain
-rw-r--r--compression-gzip.nix192logplain
-rw-r--r--compression.nix922logplain
-rw-r--r--crumble-app.nix377logplain
-rw-r--r--crumble.nix82logplain
-rw-r--r--facets-app.nix920logplain
-rw-r--r--facets-call.nix419logplain
-rw-r--r--facets.nix225logplain
-rw-r--r--fastp-app.nix386logplain
-rw-r--r--fastp-check.nix1073logplain
-rw-r--r--fastp.nix126logplain
-rw-r--r--fastqc-app.nix704logplain
-rw-r--r--fastqc-check.nix432logplain
-rw-r--r--fastqc.nix193logplain
-rw-r--r--gridss-assemble.nix1728logplain
-rw-r--r--gridss-callVariants.nix1548logplain
-rw-r--r--gridss-collectMetrics.nix925logplain
-rw-r--r--gridss-computeSamTags.nix995logplain
-rw-r--r--gridss-configFile.nix1414logplain
-rw-r--r--gridss-extractSVReads.nix1113logplain
-rw-r--r--gridss-softClipsToSplitReads.nix1056logplain
-rw-r--r--gridss-variants.nix3627logplain
-rw-r--r--gridss.nix3127logplain
-rw-r--r--hisat2-align.nix1070logplain
-rw-r--r--hisat2-extractExons.nix219logplain
-rw-r--r--hisat2-extractSpliceSites.nix232logplain
-rw-r--r--hisat2-index.nix623logplain
-rw-r--r--hisat2.nix474logplain
-rw-r--r--infercnv-app.nix2330logplain
-rw-r--r--infercnv-infer.nix342logplain
-rw-r--r--infercnv-ngchmr.patch616logplain
-rw-r--r--infercnv.nix122logplain
-rw-r--r--kallisto-index.nix372logplain
-rw-r--r--kallisto-quant.nix1248logplain
-rw-r--r--kallisto.nix117logplain
-rw-r--r--manta-call.nix1062logplain
-rw-r--r--manta.nix69logplain
-rw-r--r--minimap2-align.nix1014logplain
-rw-r--r--minimap2.nix228logplain
-rw-r--r--mosdepth-depth.nix413logplain
-rw-r--r--mosdepth-plot.nix571logplain
-rw-r--r--mosdepth.nix117logplain
-rw-r--r--mutect-app.nix894logplain
-rw-r--r--mutect-call.nix966logplain
-rw-r--r--mutect.nix115logplain
-rw-r--r--octopus-call.nix802logplain
-rw-r--r--octopus-callSomatic.nix1188logplain
-rw-r--r--octopus.nix127logplain
-rw-r--r--picard-markDuplicates.nix763logplain
-rw-r--r--picard.nix92logplain
-rw-r--r--platypus-callVariants.nix1077logplain
-rw-r--r--platypus.nix81logplain
-rw-r--r--samtools-dict.nix314logplain
-rw-r--r--samtools-faidx.nix373logplain
-rw-r--r--samtools-fixmate.nix507logplain
-rw-r--r--samtools-flagstat.nix226logplain
-rw-r--r--samtools-index.nix487logplain
-rw-r--r--samtools-markdup.nix433logplain
-rw-r--r--samtools-merge.nix1101logplain
-rw-r--r--samtools-sort.nix1105logplain
-rw-r--r--samtools-view.nix725logplain
-rw-r--r--samtools.nix435logplain
-rw-r--r--snap-align.nix1014logplain
-rw-r--r--snap-app.nix455logplain
-rw-r--r--snap-index.nix388logplain
-rw-r--r--snap.nix381logplain
-rw-r--r--snpeff-annotate.nix423logplain
-rw-r--r--snpeff-dbnsfp.nix463logplain
-rw-r--r--snpeff.nix121logplain
-rw-r--r--snver-app.nix584logplain
-rw-r--r--snver-call.nix1106logplain
-rw-r--r--snver.nix121logplain
-rw-r--r--strelka-call.nix1380logplain
-rw-r--r--strelka-callSomatic.nix1529logplain
-rw-r--r--strelka.nix309logplain
-rw-r--r--xenomapper-allocate.nix909logplain
-rw-r--r--xenomapper.nix80logplain